Aturan hukum yang mengatur mengenai pelanggaran ham yang berat diatur dalam UU Pengadilan HAM. Ketentuan khusus dalam sistem peradilan pidana pelanggaran HAM berat yang mengesampingkan ketentuan dalam Sistem peradilan umum yakni Kitab Undang-Undang Hukum Acara Pidana antara lain: